Glavni odbor HČZ Dubrovačko-neretvanske županije najviše je operativno i upravljačko tijelo Udruge između sjednica Skupštine. Sastavljen je od 45 članova, uključujući predsjednika, zamjenika predsjednika i šest potpredsjednika, a iz svojih redova bira Izvršni odbor. Sjednice se održavaju prema potrebi, najmanje jednom u šest mjeseci, uživo ili elektroničkim putem.

Glavni odbor odgovoran je za provedbu odluka Skupštine, donošenje planova i programa rada, financijsko poslovanje te jačanje organizacijskog razvoja Udruge. Posebnu važnost ima suradnja s institucijama lokalne samouprave, Hrvatskom vojskom, policijom i drugim udrugama, kao i organizacija izobrazbe članstva u skladu s programima Ministarstva obrane RH.

Tijelo također skrbi o očuvanju ugleda i načela Udruge, potvrđuje prijem novih članova i dodjelu priznanja te ima pravo opozvati članove koji djeluju protivno Statutu i programskim načelima. Za svoj rad Glavni odbor odgovara Skupštini kojoj podnosi godišnje izvješće, a mandat njegovih članova traje četiri godine.